К атрибутам сущности без аннотаций необходимо добавить аннотацию Transient

В OpenJPA те атрибуты, которые сами представляют собой классы сущностей, по умолчанию не сохраняются. В EclipseLink по умолчанию применяется другой принцип работы: эти атрибуты сохраняются в базе данных. Для того чтобы сохранить такой режим работы, как в OpenJPA, то есть игнорировать атрибуты сущностей без аннотаций, добавьте аннотацию javax.persistence.Transient к этим атрибутам в EclipseLink.

Это правило отмечает атрибуты без аннотаций JPA, которые являются классами сущностей. Если инструменту не удается найти связанный класс, он добавляет предупреждение в протокол ошибок Eclipse. Класс может быть не найден, если зависимые проекты или классы недоступны, либо есть ошибки компиляции. Процедура быстрого исправления добавляет аннотацию @Transient к атрибуту.

В следующем классе сущности правило отметит поле entityReference.

import javax.persistence.Entity;
import javax.persistence.Id;

@Entity
public class EntityA {
    @Id
    private int id;
   
    private EntityB entityReference;
}
import javax.persistence.Entity;
import javax.persistence.Id;

@Entity
public class EntityB {
    @Id
    private int id;
}

Процедура быстрого исправления добавит аннотации @Transient и оператор import.

import javax.persistence.Entity;
import javax.persistence.Id;

@Entity
public class EntityA {
    @Id
    private int id;
   
    @Transient
    private EntityB entityReference;
}

Для получения дополнительной информации об этой проблеме и других проблемах, возникающих при миграции OpenJPA в EclipseLink, обратитесь к руководству Миграция OpenJPA в EclipseLink JPA: преобразования.